Junts logró imponer sus demandas al PSOE para sortear el desafío que representaba para los del partido de Puigdemont la no aplicación de la amnistía para los delitos relacionados con el terrorismo en la versión previa del texto. Al final, acordaron evitar hacer mención al Código Penal y, en cambio, referirse únicamente al derecho europeo, con el objetivo de poder incluir la eliminación de los delitos tanto para el ex presidente de la Generalitat como para los representantes de ERC, Marta Rovira y Ruben Wagensberg.

Otro delito que no estaba contemplado eliminar en la primera redacción amnistía y que podría afectar a Puigdemont era el de alta traición. Para permitir que la medida de gracia se aplique incluso a delitos como éste en caso de que el político fugado sea finalmente juzgado por ello, se incorporó una cláusula que establece que se eliminarán los delitos de alta traición «siempre que se haya producido tanto una amenaza efectiva y real, como un uso efectivo de la fuerza en contra de la integridad territorial o la independencia política de España».

Además, el texto que se ha aprobado este jueves en el Congreso amplía el período de tiempo que se va a amnistiar. Se extiende hasta noviembre de 2011 en lugar de hasta el 13 de noviembre de 2013, lo que implica que también se podrían incluir los casos del Tribunal de Cuentas.