Hacienda obliga a 22.000 farmacias a utilizar su programa de contabilidad para controlar sus ingresos

• Benjamín Santamaría @benjaefe
• Economista, analista, conferenciante y máster de educación. Redactor de economía en OKDIARIO y autor de "La economía a través del tiempo" en el Instituto Juan de Mariana
• • 28/08/2025 05:45
  • Actualizado: 28/08/2025 05:45

Hacienda impondrá un nuevo sistema de facturación electrónica a las más de 22.000 farmacias que operan en toda España antes de 2026 para poder controlar sus ingresos. Se trata de VeriFactu, un programa que afectará a todos los autónomos, pero de forma especial a un sector que está gestionado mayoritariamente por trabajadores por cuenta propia. 

Hasta ahora, muchas farmacias utilizaban programas de TPV convencionales o sistemas de contabilidad básicos, según explica TeamSystem. Con la llegada de VeriFactu, estas herramientas deberán actualizarse para cumplir con los nuevos requisitos exigidos por la Agencia Tributaria.

Entre ellos, según el fisco, se encuentran los de integridad, trazabilidad y seguridad fiscal, los cuales están establecidos en la Ley Antifraude y en la Ley Crea y Crece. En la práctica, esto significa emitir facturas electrónicas validadas por Hacienda y conservarlas de forma segura durante al menos seis años.

Es decir, Hacienda va a imponer a las farmacias un sistema de facturación mucho más rígido y controlado directamente por ella. El calendario para implementar esta nueva herramienta de la Agencia Tributaria ya está definido.

Hacienda va a por las farmacias

Las farmacias que operan como sociedades deberán estar adaptadas antes del 1 de enero de 2026, mientras que los autónomos (que representan la mayoría del sector farmacéutico) dispondrán de plazo hasta el 1 de julio de 2026. Es decir, ninguno de estos negocios se librará de implementar las nuevas medidas.

En ese sentido, para asegurarse de que todo el mundo cumple con la nueva exigencia, la Agencia Tributaria ha habilitado un entorno de pruebas donde los profesionales pueden comprobar si el software que tienen actualmente es compatible con el nuevo método de fiscalización.

Por tanto, aquéllos que tengan una farmacia pueden ir comprobando si el sistema actual de facturación puede compatibilizarse con el que va a imponer Hacienda a partir del término de este año.

Muchas farmacias tendrán que recurrir a soluciones de TPV y gestión compatibles con VeriFactu, o utilizar el Kit Digital para regularizar la nueva situación impuesta por Hacienda. Este programa, además, obliga a incorporar, «en las facturas y facturas simplificadas emitidas», un «código QR y, en su caso, una leyenda de factura verificable», según el fisco.

Hacienda justifica estos cambios asegurando que es necesario «regular cómo deben funcionar los sistemas informáticos de facturación para asegurar el cumplimiento de los requisitos» de la ley, «de forma que se garantice la integridad, conservación, accesibilidad, legibilidad, trazabilidad e inalterabilidad de los registros de facturación, sin interpolaciones, omisiones o alteraciones de las que no quede la debida anotación en los sistemas mismos».

«La norma pretende asegurar la estandarización y legibilidad de los registros producidos por los sistemas de facturación, para lo cual se regula tanto el Registro de facturación de alta como el Registro de facturación de anulación», asegura la Agencia Tributaria.

Con todo, no sólo los farmacéuticos van a estar obligados a implementar esta herramienta. La normativa tiene un ámbito de aplicación muy amplio, pues incluye a todos los empresarios, ya sean individuales o societarios, así como las entidades sin personalidad jurídica, siempre que tributen en el IRPF (por rendimientos de actividades económicas), en el Impuesto sobre Sociedades o en el Impuesto sobre la Renta de no Residentes a través de un establecimiento permanente en España.

La obligación alcanza únicamente a quienes estén domiciliados en territorio español de régimen común, lo que excluye a los residentes en el País Vasco y Navarra. Todos ellos deberán garantizar que sus sistemas de facturación se ajustan a los requisitos de la nueva normativa a la hora de emitir facturas, tanto completas como simplificadas, sin importar quién sea el destinatario de las mismas.