Los mejores programas de nóminas para pymes: comparativa y cómo elegir

Un programa de nóminas calcula el salario de cada empleado según su contrato y su convenio, genera los ficheros para la Seguridad Social y prepara las retenciones de IRPF que la empresa ingresa en Hacienda. Para una pyme, los mejores programas de nóminas son los que hacen todo eso y además lo conectan con la contabilidad, para que el gasto de personal no se tenga que volver a teclear.

En esta comparativa revisas siete opciones: Holded, Sage, Cegid, Endalia, Factorial, Sesame HR y Odoo. Si quieres ver más alternativas y la evolución del sector, esta selección de los mejores programas de nóminas amplía el análisis con otros perfiles de empresa.

¿Qué hace un programa de nóminas?

Un programa de nóminas convierte los datos laborales de tu equipo en cuatro resultados: el recibo de salario de cada persona, la liquidación de cotizaciones a la Seguridad Social, las retenciones de IRPF y el pago de los sueldos.

En la práctica, el ciclo mensual tiene estos pasos:

1. Recoger incidencias. Altas, bajas, horas extra, vacaciones o cambios de jornada del mes.
2. Calcular la nómina. Salario base, complementos del convenio, cotizaciones y retención de IRPF.
3. Comunicar a la Seguridad Social. Los ficheros de bases y cotizaciones se envían a través de SILTRA.
4. Una remesa bancaria abona todos los sueldos a la vez.
5. Declarar retenciones. El modelo 111 recoge las retenciones del periodo y el modelo 190 hace el resumen anual.
6. Sueldos, cotizaciones y retenciones pasan a contabilidad.

Si tu programa cubre solo el paso 2, los otros cinco siguen siendo trabajo manual. Por eso la integración pesa tanto como el cálculo.

¿Cuáles son los mejores programas de nóminas para pymes?

Esta tabla resume en qué destaca cada uno. Los precios proceden de las webs oficiales en octubre de 2026 y no incluyen IVA.

1. Holded

Holded incorpora las nóminas dentro de su ERP, sobre los mismos datos que la facturación, la contabilidad y la tesorería. Es la diferencia de fondo: la nómina no vive en un programa aparte, sino en la herramienta donde ya llevas el resto de la empresa.

Con Holded, las nóminas se generan en 5 segundos y de forma masiva, una por empleado, cada una con su asiento contable automático. Desde el mismo sitio:

• Creas la remesa bancaria para pagar todos los sueldos con un clic.
• Se autorrellenan los modelos 111 y 190 sin trabajo manual.
• Generas los ficheros para SILTRA con retenciones, bases y liquidación de seguros sociales.
• Eliges un convenio predefinido o subes tu propio convenio en PDF para crear contratos.
• Organizas el equipo por centros de trabajo, con convenios y contratos distintos en cada uno.

El Centro de Modificaciones sustituye los correos con bajas, variaciones e incidencias: cada cambio queda registrado y con historial por empleado. Para las asesorías que llevan la parte laboral, eso evita perseguir datos cada final de mes.

El complemento de Nóminas cuesta 5 € por empleado al mes y se activa sobre cualquier plan de Holded, que empieza en 15 € al mes sin IVA (7,50 € los tres primeros meses). Para la gestión de ausencias, control horario y vacaciones existe Equipo Pro, desde 1,50 € por empleado al mes. Holded tiene más de 900.000 usuarios y una valoración de 4,6/5 en Capterra.

Ideal para: pymes de 5 a 50 empleados que quieren nóminas, contabilidad e impuestos en una sola herramienta, y asesorías que buscan centralizar la gestión laboral de sus clientes.

2. Sage

Sage ofrece gestión laboral dentro de su gama para empresas y despachos, con cálculo de nóminas, seguros sociales y comunicación con los organismos. Su recorrido en el mercado español es largo y tiene una red amplia de partners.

Ideal para: empresas que ya usan la contabilidad de Sage y quieren mantener el mismo proveedor.

3. Cegid

Cegid cubre la nómina con varios productos: Cegid DiezNOM para asesorías, Nominasol para pequeñas empresas y despachos, y Cegid Peoplenet para organizaciones con plantillas grandes. DiezNOM presenta directamente movimientos de afiliación, INSS y declaraciones a las Haciendas, también forales.

Ideal para: despachos laborales y empresas grandes que necesitan un producto específico para cada nivel.

4. Endalia

Endalia es un proveedor español de software de RR. HH. con un módulo de nómina que convive con la gestión de expedientes, formación y portal del empleado.

Ideal para: empresas medianas con un departamento de RR. HH. que quiere nómina y gestión de personas en el mismo proveedor.

5. Factorial

Factorial es una plataforma de gestión de personas muy extendida en pymes. Centraliza fichajes, ausencias, documentos y datos de empleados que alimentan la nómina, y se conecta con la asesoría o el programa de cálculo.

Ideal para: empresas que priorizan la experiencia del empleado y trabajan la nómina con una gestoría externa.

6. Sesame HR

Sesame HR nació como software de control horario y hoy incluye vacaciones, turnos, reclutamiento y gestión de incidencias de nómina. Sus planes van desde 4,75 € por empleado al mes en pago anual.

Ideal para: negocios con turnos y mucha rotación que necesitan registrar la jornada con precisión.

7. Odoo

Odoo tiene una aplicación de nómina dentro de su ERP modular. La localización española se configura normalmente con un partner.

Ideal para: empresas que ya trabajan con Odoo en otras áreas y tienen un partner de implantación.

¿Cómo elegir un programa de nóminas para tu pyme?

Elige según quién hace hoy la nómina y dónde llevas la contabilidad. Son las dos variables que más cambian el trabajo diario.

Si la nómina la hace tu gestoría, busca un programa que te permita centralizar incidencias y que tu gestor acceda a los datos sin pedírtelos por correo. En Holded, la asesoría partner entra gratis en todos los planes.

Si la haces dentro de la empresa, mira cuántos pasos del ciclo cubre: cálculo, SILTRA, remesa, modelos 111 y 190 y asiento contable. Cada paso que falte es tiempo de administración cada mes.

Si tienes varios centros o convenios, comprueba que el programa los gestione por separado sin duplicar empleados.

Fíjate también en el crecimiento. Pasar de 8 a 25 empleados no debería obligarte a cambiar de programa ni a migrar el histórico.

¿Cuánto cuesta un programa de nóminas?

El precio suele calcularse por empleado y mes. Un ejemplo con Holded: una agencia de 12 personas en el plan Básico (29 € al mes) con el complemento de Nóminas paga 29 € más 60 € de nóminas (12 × 5 €), es decir, 89 € al mes sin IVA, con facturación, modelos de IRPF y escáner de gastos incluidos.

Para comparar con otros proveedores, pregunta qué incluye la cuota: si la generación de ficheros SILTRA, los modelos fiscales o el soporte se cobran aparte, el precio final cambia.

Preguntas frecuentes sobre programas de nóminas

¿Qué programa de nóminas es mejor para una pyme?

Para una pyme que quiere nómina, contabilidad e impuestos en el mismo sitio, Holded es la opción más completa de esta comparativa: genera la nómina, el asiento contable, la remesa y los modelos 111 y 190 sin salir de la herramienta.

¿Un programa de nóminas presenta los seguros sociales?

Los programas completos generan los ficheros que se suben a SILTRA para comunicar bases y liquidar cotizaciones. Holded los genera de forma automática.

¿Puedo usar un programa de nóminas si me las hace la gestoría?

Sí. Centralizar las incidencias en el programa ahorra correos y errores, y tu gestor trabaja sobre los datos reales. En Holded, el acceso de la asesoría partner es gratuito.

¿Cada cuánto se presenta el modelo 111?

El modelo 111 se presenta cada trimestre en la mayoría de pymes, y cada mes en las grandes empresas. El modelo 190 es el resumen anual de esas retenciones.