Los mejores programas de facturación para autónomos y pymes en España en 2026

Elegir bien el software de facturación ya no es solo una cuestión de comodidad. La normativa Verifactu obliga a las sociedades a emitir facturas con sistemas homologados por la Agencia Tributaria desde el 1 de enero de 2027 (para empresas con menos de seis millones de euros de facturación), y a los autónomos desde el 1 de julio de ese mismo año. Los programas de escritorio, las hojas de cálculo y los documentos de Word para emitir facturas dejarán de ser válidos. Si todavía no has hecho el cambio, este es el momento de elegir bien. Te explicamos cuáles son las mejores opciones del mercado en 2026, qué incluye cada una y para qué tipo de negocio encaja mejor cada herramienta.

Por qué 2026 cambia la forma de elegir un programa de facturación

Verifactu, el sistema impulsado por la Ley Antifraude, exige que los programas de facturación generen un registro único e inalterable por cada factura, con huella digital, encadenamiento con el registro anterior y posibilidad de envío a la AEAT. Cada factura llevará un código QR que permite verificar su validez directamente en la sede electrónica de Hacienda. No se trata de un trámite opcional: un software que no cumpla estos requisitos no podrá usarse legalmente para facturar a partir de los plazos establecidos. La buena noticia es que los principales programas del mercado ya están adaptados. La clave está en elegir uno que no solo cumpla con Verifactu, sino que también se ajuste al tamaño de tu negocio, al volumen de facturas que manejas y a si necesitas funciones adicionales como contabilidad, CRM o gestión de proyectos.

Holded, el mejor programa de facturación para pymes con varias necesidades

Holded es la plataforma más completa del mercado español para pymes y autónomos que necesitan más que facturar. Centraliza en una sola herramienta la facturación, la contabilidad, el CRM, la gestión de proyectos, el inventario, los recursos humanos y hasta un TPV para tienda física. El módulo de facturación está certificado por la AEAT para Verifactu, lo que significa que cualquier plan de Holded cumple con la normativa sin necesidad de adaptaciones adicionales. Más de 80.000 empresas en España y Latinoamérica ya lo utilizan, y la puntuación en Trustpilot supera las 2.200 valoraciones con calificación excelente.

Planes y precios de Holded

Para autónomos, el plan de entrada es el Plus, a 7,50 euros al mes durante los tres primeros meses (precio habitual 15 euros al mes). Incluye un usuario, Verifactu, escáner ilimitado de gastos y conexión con un banco. El plan Básico, a 29 euros al mes, añade dos usuarios, facturas recurrentes, contabilidad automatizada y remesas SEPA. Para empresas pequeñas, los planes van desde 29 euros al mes en el Básico hasta 99 euros al mes en el Avanzado (7 usuarios, 10.000 facturas al año). Las empresas medianas tienen planes Premium a 199 euros al mes, con 15 usuarios y facturas ilimitadas. Todos los planes incluyen 14 días de prueba gratuita y un descuento del 50% durante los tres primeros meses.

El inventario y el TPV son módulos adicionales con coste aparte (25 euros al mes cada uno). La contabilidad automatizada de Holded puede asumir hasta el 95% de los asientos contables de forma automática, lo que supone un ahorro significativo de tiempo para negocios con volumen de operaciones alto. La integración con bancos españoles (BBVA, Santander, CaixaBank y otros) permite conciliar los movimientos de la cuenta con las facturas registradas sin pasos manuales. Si trabajas con ecommerce, la conexión con Shopify, WooCommerce y Amazon viene incluida en los planes más avanzados.

Para quién es Holded

Holded encaja especialmente bien con pymes en crecimiento que necesitan tener facturación, contabilidad, CRM e inventario bajo el mismo techo. Para autónomos con pocas facturas al mes y sin necesidad de CRM ni gestión de proyectos, el coste puede ser superior al de otras opciones más básicas. Pero para cualquier negocio que haya superado la fase inicial y necesite un sistema que escale con él, es la opción más sólida del mercado español.

Anfix, el mejor si trabajas estrechamente con tu gestoría

Anfix es un ERP de contabilidad y facturación pensado para que el negocio y la asesoría trabajen en el mismo entorno, en tiempo real. Cuando emites una factura en Anfix, el asiento contable queda registrado automáticamente y tu gestor lo ve sin que tengas que enviarle nada. La conciliación bancaria funciona de forma inteligente: el programa aprende de los patrones de movimiento y cruza los datos bancarios con las facturas sin intervención manual. Está adaptado a Verifactu y permite la presentación de impuestos directamente desde la plataforma, algo que lo distingue de opciones más orientadas solo a la facturación.

Anfix ofrece cinco planes de pago para autónomos y empresas, con precios que en pago anual empiezan desde 2,49 euros al mes y llegan hasta 41,66 euros al mes. No tiene versión gratuita permanente, pero sí periodo de prueba. Su punto débil es que no dispone de módulos de inventario potentes ni de gestión de proyectos avanzada, por lo que no es la mejor opción si necesitas una herramienta todo en uno para un equipo con varias áreas de trabajo.

Billin, para autónomos que necesitan velocidad y sencillez

Billin está diseñado con un objetivo muy concreto: que emitir una factura lleve el menor tiempo posible y que tengas claro en todo momento si cada cobro está pendiente, vencido o pagado. No es un software de gestión integral y no lo pretende. Compatible con Verifactu, permite crear facturas, presupuestos y gestionar gastos desde cualquier dispositivo. Cuenta con más de 180.000 autónomos y pymes como usuarios en España. El plan de pago empieza desde 9 euros al mes, con 30 días de prueba gratuita. Tiene integración con herramientas de contabilidad como Contasimple, y también con Shopify y WooCommerce para negocios con tienda online.

La limitación de Billin es clara: en cuanto el negocio empieza a requerir contabilidad avanzada, gestión de proyectos o inventario, se queda corto. Es la herramienta ideal para autónomos que facturan servicios y quieren cumplir con la normativa sin pagar por funciones que no van a usar.

Contasimple, la opción más económica para empezar

Contasimple es uno de los programas más accesibles del mercado en términos de precio y de curva de aprendizaje. Tiene un plan gratuito con funcionalidades limitadas y dos planes de pago: 9,95 euros al mes y 15,95 euros al mes, ambos en facturación anual. Genera facturas verificables compatibles con Verifactu, incluye los modelos fiscales principales y los libros contables automáticos. El sistema de colores que usa para indicar el estado de cada factura (pagada, pendiente, vencida) es especialmente intuitivo para quien no tiene experiencia previa con software de gestión. La integración con cuentas bancarias es opcional y tiene un coste adicional.

Contasimple funciona bien para autónomos con un volumen bajo de operaciones que buscan cumplir con la normativa sin invertir mucho ni aprender herramientas complejas. A medida que el negocio crece y aparecen más empleados, más clientes o la necesidad de informes financieros detallados, el programa se queda corto y la migración a una plataforma más completa acaba siendo inevitable.

FacturaDirecta, fácil de usar para quien empieza su actividad

FacturaDirecta es una herramienta orientada a autónomos y pymes pequeñas que necesitan facturar, gestionar presupuestos y hacer un control básico de clientes y stock. Su interfaz es muy sencilla y está específicamente diseñada para el mercado español, con integración directa con gestorías. Es compatible con Verifactu y permite empezar a facturar en minutos sin necesidad de configuraciones complejas. Los precios son asequibles y tiene un plan para negocios que están empezando. Su mayor debilidad respecto a otras alternativas es el diseño, más antiguo visualmente, y la ausencia de funcionalidades avanzadas como CRM o automatización contable completa.

Cómo elegir el programa de facturación que mejor se ajusta a tu negocio

Antes de contratar cualquier software, hay cuatro preguntas que conviene responder. La primera: ¿cuántas facturas emites al mes? Si son menos de diez y tu actividad es sencilla, opciones como Contasimple o Billin cubren perfectamente la normativa con un coste mínimo. La segunda: ¿tienes equipo o trabajas solo? Si tienes empleados o prevés tenerlos en los próximos meses, un programa con módulo de RRHH integrado como Holded evita duplicar herramientas. La tercera: ¿llevas tú la contabilidad o lo hace una gestoría? Si trabajas con una asesoría externa, Anfix facilita enormemente la coordinación porque ambas partes ven los mismos datos en tiempo real. La cuarta: ¿necesitas más que facturación? Si también manejas proyectos, inventario o ventas online, un ERP completo como Holded centraliza todo sin necesidad de pagar por varias herramientas por separado.

En cuanto a Verifactu, todos los programas de esta lista ya están adaptados o en proceso de estarlo. La diferencia no está en si cumplen con la norma, sino en qué más ofrecen más allá del cumplimiento mínimo. Cuanto antes tomes la decisión, más tiempo tendrás para migrar los datos, aprender el programa y llegar a los plazos de obligatoriedad con todo en orden. Cambiar de software con el negocio en marcha siempre es más complicado que elegir bien desde el principio.